El Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter serà l'òrgan encarregat d'instruir el procediment d'autorització dels centres d'immersió i de comprovar la documentació.
El procés per obtenir llicència s'obrirà cada dos anys i el termini per presentar les sol·licituds es farà entre l'1 i el 30 de novembre.
Els centres d'immersió de l'àrea protegida de les Illes Medes podran demanar permís per a la gestió d’activitats d’immersió amb escafandre autònom i per a la gestió d’activitats d’immersió sense mitjans de respiració artificial.
L'autorització inclourà el detall del nombre total de llicències d'immersió que s'atribueixen a cada centre i de les corresponents a cada zona d’immersió. Aquest nombre serà proporcional a la puntuació obtinguda, en base a criteris de valoració sobretot de caire ambiental.
Entre ells, disposar de certificacions ISO, EMAS o OHAS, l'acreditació de la Carta Europea de Turisme Sostenible, disposar de personal format en espais protegits o treballar amb ràtios baixes d'usuaris per guia.
L'ordre completa el model de gestió definit al Pla Rector d'Ús i Gestió. Per una banda, dona possibilitats a totes les empreses interessades a oferir immersions a la reserva natural parcial. Per l'altra, potenciar els centres d'immersió amb un comportament ambiental "més correcte".